Stability and sensitivity analysis of Be-CoDiS, an epidemiological model to predict the spread of human diseases between countries. Validation with data from the 2014-16 West African Ebola Virus Disease epidemic.

Ebola virus disease is a lethal human and primate disease that requires a particular attention from the international health authorities due to important recent outbreaks in some Western African countries and isolated cases in European and North-America continents. Regarding the emergency of this situation, various decision tools, such as mathematical models, were developed to assist the authorities to focus their efforts in important factors to eradicate Ebola. In a previous work, we have proposed an original deterministic spatial-temporal model, called Be-CoDiS (Between-Countries Disease Spread), to study the evolution of human diseases within and between countries by taking into consideration the movement of people between geographical areas. This model was validated by considering numerical experiments regarding the 2014-16 West African Ebola Virus Disease epidemic. In this article, we propose to perform a stability analysis of Be-CoDiS. Our first objective is to study the equilibrium states of simplified versions of this model, limited to the cases of one an two countries, and to determine their basic reproduction ratios. Then, in order to give some recommendations for the allocation of resources used to control the disease, we perform a sensitivity analysis of those basic reproduction ratios regarding the model parameters. Finally, we validate the obtained results by considering numerical experiments based on data from the 2014-16 West African Ebola Virus Disease epidemic.

Susceptibilidad al virus herpes simple tipo 1: contribución de complejos genéticos polimórficos relacionados con la citotoxicidad celular

El virus Herpes simple tipo 1 (HSV-1) infecta a la mayoría de los individuos en edades tempranas, manteniéndose en estado latente en sus ganglios sensitivos durante toda la vida. La primoinfección requiere un contacto directo entre la piel o las mucosas dañadas de un individuo no infectado con viriones infectivos liberados en los fluidos corporales de un sujeto infectado. Esta infección primaria suele pasar desapercibida o causar sintomatología típica de una infección viral leve. Sin embargo, en casos excepcionales, puede ser la causa de enfermedades graves y potencialmente letales como la encefalitis herpética, el síndrome séptico por HSV-1, la infección congénita, el eczema herpeticum o la queratitis herpética (Abel et al, 2010; Chase et al, 1987; Frederick et al, 2002; Leung et al, 2013, Liesegang et al, 2001; Whitley et al, 1991). El paso del virus a través de las barreras anatómicas de un individuo no infectado es seguido por la replicación viral en el sitio de la inoculación. A continuación, los viriones entran en las fibras nerviosas sensitivas y son transportados hacía los cuerpos neuronales en los ganglios sensitivos, donde se mantienen en estado latente…

Virus de la hepatitis C: variabiliad en las regiones del CORE y NS5A y su impacto en la infección por el genotipo 1b

La infección por el virus de la hepatitis C (VHC) tiene un gran impacto a nivel mundial, considerándose una de las principales causas de hepatitis crónica, enfermedad hepática terminal y hepatocarcinoma. Hasta la incorporación de los nuevos agentes antivirales, el genotipo 1b era el que tenía tasas más bajas de respuesta viral sostenida (RVS); y a su vez, el de mayor prevalencia en nuestro medio. Lo que ha llevado a la búsqueda de marcadores predictores de respuesta, con el fin de identificar a aquellos pacientes que pudieran beneficiarse del tratamiento. Estudios previos han mostrado que la variabilidad genómica en la región codificante de la proteína C del Core y en la región comprendida entre los aminoácidos 2209 y 2248 (región determinante de la sensibilidad al IFN: ISDR) de la región que codifica la proteína no-­‐estructural 5A (NS5A) están relacionados con la respuesta al tratamiento con biterapia. Es por ello, que el objetivo de nuestro estudio es caracterizar a nivel genómico ambas regiones y analizar su impacto en pacientes con infección crónica por el genotipo 1b. Se analizan, además, otros factores basales implicados en la respuesta: sexo, edad y carga viral basal...

Implementación de una programa para el control del uso de antifúngicos en un hospital general universitario ("Antifungal stewardship")

El consumo inapropiado de antifúngicos ha contribuido en años recientes al incremento global de la resistencia antifúngica y ha jugado un papel importante en los cambios epidemiológicos y en la etiología de las infecciones fúngicas. Además, el sobreuso de antifúngicos conlleva un riesgo de toxicidad asociada a los mismos y un muy significativo aumento en el gasto sanitario. Los programas de control del uso de antifúngicos consisten en intervenciones multidisciplinares, lideradas por especialistas en enfermedades infecciosas, microbiología clínica y farmacia, que establecen redes de cooperación y comunicación con los principales servicios prescriptores, con el fin de optimizar el tratamiento antifúngico y el manejo de las infecciones fúngicas invasivas. Sin embargo, la experiencia en el desarrollo de programas de optimización del uso de antifúngicos es muy limitada, pues la mayoría de los esfuerzos se han centrado en el control de los antibacterianos...

Desarrollo de una app para la generación preventiva de alertas sanitarias

Desde hace unos años, parece que la informática ha ido invadiendo numerosos campos de la ciencia, se ha ido consolidando como parte fundamental en el desarrollo y la tecnología y ya se puede ver como motor de la economía, las comunicaciones, el comercio e incluso, la medicina. Este trabajo se centra en la aplicación de la informática en el área de las enfermedades infecciosas, intentando contribuir con una nueva idea que revolucione el mundo de las mismas dentro de la medicina, en una situación en la que el término “Smart City” cada vez es más importante. Se trata de un sistema formado por una app para Android y una web controlada y gestionada por un médico, la cual permite identificar posibles usuarios contagiados, localizar focos de contagios y gestionar de una manera óptima, el estado y los avisos de cada usuario. En esta memoria se describe el trabajo realizado, la arquitectura del sistema, las tecnologías utilizadas, el diseño de la aplicación móvil y de la página web, su implementación, las pruebas realizadas, las conclusiones a las que se ha llegado y las posibles mejoras que se podrían incluir en el proyecto en un futuro.

Parámetros clínicos de chimpancé ("Pan troglodytes") en programas de rehabilitación y reintroducción en su medio natural

Genéticamente, los chimpancés y los bonobos son los parientes vivos más cercanos a los seres humanos, que comparten un ancestro común que vivió hace unos seis millones de años. Los chimpancés se consideran en peligro de extinción por la IUCN y numerosos programas de conservación en África trabajan hacia la protección de la especie y su hábitat. Amenazado por la caza furtiva y la destrucción del hábitat, las cifras de población de chimpancés salvajes siguen disminuyendo. Como consecuencia, un importante flujo de chimpancés en vivo que son víctimas de la caza furtiva son enviados a centros de rehabilitación en África donde viven en semilibertad y en ocasiones son reintroducidos en el medio natural. Un objetivo primordial en estos centros de rescate y rehabilitación es proporcionar a los primates en cautividad con altos estándares de bienestar. La realización de tratamientos médicos adecuados y una gestión cuidadosa contribuye a su buen estado de salud, que a su vez permite a estos centros para garantizar el bienestar óptimo chimpancé. A un nivel veterinaria, la implementación de un tratamiento rápido y efectivo para una enfermedad requiere las herramientas de diagnóstico adecuadas, así como los valores de referencia correctos correspondientes a la especie. El objetivo de la presente tesis es establecer rangos de referencia de los diferentes parámetros clínicos para el chimpancé común (Pan troglodytes), que viven en semi-libertad en su hábitat natural. A fin de establecer valores de referencia, hemos utilizado los datos obtenidos durante los controles de rutina del brezo en chimpancés realizados durante diez años, en Tchimpounga Centro de Rehabilitación de chimpancé. Todos los chimpancés en el Centro de Rehabilitación Tchimpounga someten a controles de salud a su llegada al centro y en adelante cada tres años. Los análisis se llevan a cabo para asegurar la buena salud de la comunidad, y mejorar el control de la transmisión de enfermedades infecciosas, como la tuberculosis. Los análisis incluyen la recogida de sangre de la muestra, electrocardiogramas, radiografías de tórax, ecografía abdominal y pruebas serológicas y bacteriológicas. Estos análisis requieren la inmovilización química del individuo. A su vez, otros controles de salud que no requieren inmovilización química se realizan a diario en el centro por personal cualificado. Estos incluyen el análisis de las heces y la orina, y la exploración física general. La exploración global incluye tomar la temperatura corporal diaria de los chimpancés menores de 10 años en virtud de condicionamiento positivo...

Efecto del tratamiento antirretroviral en la respuesta virológica a interferón pegilado y ribavirina en pacientes coinfectados por el virus de la inmunodeficiencia humana y el virus de la hepatitis C

Introducción: En los pacientes coinfectados VIH/VHC, la influencia del tratamiento antirretroviral sobre la respuesta al tratamiento de la hepatitis C con interferón pegilado y ribavirina no se conoce bien. El objetivo de este estudio es investigar el efecto del tratamiento antirretroviral sobre la respuesta al tratamiento en los pacientes coinfectados. Métodos: Los pacientes se seleccionaron de dos cohortes de pacientes coinfectados por VIH y VHC de GESIDA y tratados con interferón pegilado y ribavirina entre 2001 y 2007. La respuesta viral sostenida se definió como una carga viral indetectable a las 24 semanas de haber finalizado el tratamiento. Se utilizaron métodos de regresión logística para estudiar posibles asociaciones entre la ausencia de respuesta y las características basales, incluyendo los fármacos antirretrovirales acompañantes. Resultados: Se incluyeron 1701 pacientes: el 63% tenía el genotipo 1 o 4 del VHC y el 88% estaba tomando TARGA. Los factores asociados de forma independiente con mayor probabilidad de RVS fueron el genotipo 2 o 3, la concentración de ARN-VHC<500000 UI/ml y la categoría clínica A o B. Se realizó un análisis ajustado a los factores pronósticos y la dosis de ribavirina /kg de peso, obteniendo una OR ajustada de RVS en los pacientes sin TARGA de 1,31 (IC95% 0,91-1,88, p=0,144). Tomando la pauta de TDF+FTC/3TC como referencia, se vio que solamente el AZT se asoció a una menor probabilidad de RVS, con una OR ajustada de RVS de 0,65 (IC95% 0,46-0,93, p=0,017). Conclusiones: El hecho de estar recibiendo TAR no tuvo ningún efecto sobre la respuesta al tratamiento de la hepatitis C. El único fármaco antirretroviral que se asoció de forma significativa con menor probabilidad de RVS fue el AZT.

Estudio de la infección "Clostridium difficile": incidencia, epidemiología, características clínicas, factores de riesgo de gravedad y recurrencia

Clostridium difficile causes a broad range of diseases in humans, from mild colitis to pseudomembranous colitis and disease refractory to treatment, fulminant and fatal. It is an infection whose frequency, seriousness and related morbidity and mortality have increased in recent years [1-4]. Nowadays it is regarded as an emerging public health problem, and prevention and monitoring are particularly recommended. In recent years, different authors have described a change in its epidemiology, which affects not only the populations traditionally involved, but also children and patients from the community [2, 5]. Moreover, the Spanish situation has proven to be different, in terms of the ribotypes present, to other countries in Europe, Canada and the USA. Thus, the performance of an in-depth study in this type of patients in Spain, as well as the source of the acquisition of Clostridium difficile infection (CDI), is of major relevance. The main predisposing factor to acquiring CDI is the use of antibiotics in the previous 8 weeks (90% cases in some series), even with a single prophylactic dose. Other risk factors are a previous stay in health-care centers, particularly hospitals, being old and immunodepression, including transplantations and HIV [6]. The severity of CDI has been associated both with host factors and microorganism-specific factors...

Diseño, optimización y validación de sistemas de amplificación genómica para el diagnóstico de malaria y filariosis humanas

Las enfermedades parasitarias o parasitosis son un conjunto de enfermedades infecciosas producidas por protozoos, helmintos, e incluso artrópodos. La enfermedad parasitaria más importante es la malaria que está incluida en la lista de enfermedades de la pobreza. Otras enfermedades parasitarias han sido incluidas en las denominadas enfermedades olvidadas o desatendidas (NTD: Neglected Tropical Diseases) entre las que se encuentran las filariosis linfática y onchocercosis. La malaria está causada por el género Plasmodium (protozoos apicomplexo) Las especies que pueden causar la infección en humanos son: P. falciparum. P. vivax, P. malariae, P. ovale y P. knowlesi. Las filarias son nematodos finos y largos, parásitos de la sangre, la linfa y los tejidos subcutáneos y conectivos que producen en el humano la filariosis. Su transmisión se produce por insectos hematófagos (mosquitos y moscas) que actúan como vectores. Las especies de filarias de interés clínico para los humanos son Wuchereria. bancrofti, Brugia. malayi y B. timori (filariosis linfática), Onchocerca volvulus, Loa. loa y Mansonella streptocerca (filarias dérmicas), y Mansonella perstans y M. ozzardi (mansonelosis). Todas ellas presentan estadios larvales, conocidos como microfilarias (L1), que circulan en sangre o en tejido subcutáneo que son las formas infectivas para los vectores. En el Laboratorio de Malaria & otras Parasitosis Emergentes se ha desarrollado una PCR en tiempo real para malaria (Malaria RT-PCR), una Nested-PCR para filarias (Nested-Filaria PCR) y una PCR en tiempo real para filarias (RT-Filaria-PCR) como Sistemas de Análisis Múltiple para la detección de varias especies de plasmodios y varias especies de filarias en muestras de cualquier índole como indicador que los Sistemas de Análisis Múltiple son comparativamente superiores a los métodos de detección individual y a la microscopía sin perder sensibilidad y especificidad. Todos los métodos desarrollados han dado muy buenos resultados en cuanto a sensibilidad y especificidad frente a los métodos tradicionales, de tal manera que hoy en día se usan en el Laboratorio de Malaria & otras Parasitosis Emergentes como métodos de referencia, planteando la posibilidad de usar el método de las filarias para un estudio actualizado de la distribución y prevalencia de las filarias en las zonas endémicas.

Sin aliento: Histopatología de las enfermedades respiratorias transmisibles de los pequeños rumiantes

Elaboración de material docente